Es una empresa paraestatal, constituida como una Sociedad Anónima de Capital Variable, su capital social pertenece al Gobierno Federal; está regulada su normatividad en la Ley Federal de las Entidades Paraestatales y su Reglamento. A partir de julio de 1994 se le otorga por conducto de la Secretaria de Comunicaciones y Transportes el Título de Concesión de acuerdo a las leyes mexicanas, según consta en la escritura pública No. 31, 157.

La concesión tiene como objeto y alcance el uso, aprovechamiento y explotación de los bienes del dominio público de la Federación y de las obras e instalaciones propiedad del Gobierno Federal ubicadas dentro del recinto portuario, así como la construcción de obras, terminales, marinas e instalaciones portuarias y la prestación de los servicios portuarios, en dicho recinto portuario.

El 07 de Junio de 2021, se da cumplimiento al decreto presidencial emitido el 07 de diciembre de 2020 en el Diario Oficial de la Federación, llevándose a cabo de manera exitosa la transferencia de atribuciones y recursos de la Secretaría de Comunicaciones y Transportes (SCT) sobre la Coordinación General de Puertos y Marina Mercante hacia la Secretaría de Marina (SEMAR).

Con esta entrega, se oficializa que las 14 Administraciones del Sistema Portuario Nacional del país, serán administrados a través de la Coordinación General de Puertos y Marina Mercante por la SEMAR. Esta transferencia tiene como objeto mejorar la eficiencia y la operatividad de los puertos para fomentar su desarrollo económico, destacando la importancia de que tanto las administraciones portuarias como las escuelas náuticas conservan su carácter civil.